继。他们向刘铭传提出，让他们入股可以，官商共同经营也可以，甚至在投资上让他们拿大头也没有问题，但是有一条，那就是矿务要由商人主持，官不过问。
这样的条件按理并不过分。人家拿了钱，你却不让人家主事，这本身就说不通。不过，这样做却要打破以官为主的格局。有人感到担心，提醒刘铭传还是谨慎从事，但刘铭传却认为只要能把基隆煤矿盘活，一切均可尝试。
商人们一见刘铭传放了话，便跃跃欲试。最后双方商定，基隆以原来的官本十二万投入，而商股再集资三十万，由商人接办。
应该说，这个方案对双方都有利。刘铭传也满怀希望，心想这个方案总该没问题了。洋人承办不行，官商合办难道还不成吗？因此，他一边打报告，一边批准先干起来。可是，出乎意料的是，他的报告一上去又引来了更大的风波。
户部和总理衙门立即提出质疑，他们还把刘铭传呈送的基隆煤矿合办章程逐条细抠，从中找出诸多毛病。其中有“可疑者三，必不可行者五”。
如，矿务主持。既然官商合办，就应官为主持，“何以一切事宜悉授权于商，官竟不能过问”？
又如，矿务总管聘用洋人。刘铭传所称各股皆系华人，为什么总管却是洋人？这里边“显有冒充影射情事”。
再如，该巡抚不奏明请旨，便即议立章程，擅行开办，“尤非寻常轻率可比”。
在向皇帝汇报时，奕劻和翁同龢都声称：“刘铭传前与英商订拟合同，办理粗率，已降旨申饬。谕令他慎选贤员，另筹办法，可他这次招商同官合办，依然是种种纰谬，大不可行。”
皇帝怒曰：“非严惩不可!”
光绪十六年（1890年）六月二十日，皇帝批示：“刘铭传交部议处。”并勒令其“即将现办之局赶紧停办，不准迁延回护”。
吏部接旨，认为要给予“革职处分”的重惩。不过，意见呈报上去之后，光绪帝还算手下留情，加恩改成“革职留任”。
处理决定下达后，刘铭传很不服气。他抱怨皇帝高高在上，不知下情，而户部和总理衙门则不明事理，落井下石。他复奏申辩，强调商人退办，官若另开新矿，不仅“巨款难筹”，而且“逐年亏折之费亦难为继”，希望维持原状。但报告上去后，如同石沉大海。此时，醇亲王已经病逝，而他的老上司李鸿章在自身难保的情况下也选择了沉默。刘铭传孤立无援，有志难申，一怒之下，唯有选择“乞退”。六月二十三日，即处分决定下达的第三日，他便以“目疾沉重”，请求开去巡抚本缺。
其实，早在两个月前，刘铭传就请过一次病假。那是在他被朝廷“传旨申饬”之后。朝廷给假一月，到期后他又上折子请求因病开缺。朝廷仍不准，给假三月。在这期间，他的官商合办计划再次受挫，并受到革职留任的处分。于是，假期一满，他便又一次上奏，声称病情加剧，请开缺调理；如不得请，恳请赏假，内渡就医。
朝廷看了他的报告，疑他是在斗气，心中大为不快，再次对他“传旨申饬”，不过仍赏假三月，在任内调理，毋庸开缺。
可刘铭传此时早已心灰意懒，归意已决。假期一满，他又第四次上奏请求开缺，而且语气坚定。这一次，朝廷终于批准了他的请求。光绪十七年三月二十七日(1 891年5月5日)谕云：“刘铭传奏，病仍未愈，恳请开缺一折。福建巡抚刘铭传着准其开缺，并开去帮办海军事务差使。”
这是刘铭传最后一次辞官。表面看是由基隆煤矿而起，实则不然。自从主台以来，六年的劳苦和纷扰，加上谤书盈箧，窒碍甚多，这些早已使他心力交瘁，身心俱疲，特别是朝局的变化使他彻底失望，这才是他辞官的真正原因。台湾建省之初，清廷曾给刘铭传大力支持，并对他充分信任。加上奕譞和李鸿章的鼎力相助，刘铭传的很多想法和建议都能得以通过，包括办防、铁路、电报、邮政、学堂等诸多方面的改革在内。他还几度获得封赏：光绪十五年（1889年）正月，赏加太子少保衔；光绪十六年（1890年）正月，赏加兵部尚书衔；同年三月，以台湾巡抚帮办海军事务。当时海军衙门刚成立不久，该机构的规格很高，由奕譞为总办，李鸿章等为会办，其地位甚至高于总理各国事务衙门。
然而，中法战争后，李鸿章坐镇北洋，淮系势力进一步扩张，这引起了湘系和朝中其他势力的不安，于是派系之间的斗争日趋复杂。刘铭传作为淮系大员、李鸿章的亲信，自然身陷漩涡，难以撇清。刘璈被清除后，湘系势力受到打击，虽然左宗棠已去世，可曾国荃等湘系大员岂能坐视不管？加上刘铭传的新政不仅触犯了当地的利益集团和旧势力，也引起了朝中保守派的不满。各种因素形成合力，一起针对刘铭传，对他的弹劾也越来越多。
比如，有人拿他在清赋中出现的问题做文章，纠参他“任用非人，漫视民瘼”，“以致奸民、土匪乘机作乱”；彰化等地由于摊派严重，导致“一乡尽逃，台南尤胜”。还有人指责他在抚番上操之过急，措置失当，以致民心